电影苏格兰玛丽女王剧照

1561年8月19日，玛丽斯图亚特取道海路回到苏格兰，回到阔别了十三年的祖国。然而令她意想不到的是，在自己的国土居然成了异教徒。原来玛丽在法国宫廷的日子里，宗教改革运动在苏格兰国内风起云涌，最初1543年摄政的阿兰伯爵（Earl of Arran）采取亲英路线，任命新教徒为自己的牧师，传播加尔文教义。

但两年后苏格兰政府就放弃了新教政策，在1546年3月1日毕顿红衣主教下令将新教领袖魏沙特火刑之后，苏格兰的16名新教贵族采取了断然的措施，在当年5月29日刺杀了毕顿。而苏格兰政府的决定反应是向法王亨利二世求助，亨利二世为了讨好罗马教皇，就差遣二十艘军舰围攻苏格兰新教据点圣安得烈城堡，1547年7月31日圣安得烈城堡向法国军舰投降，包括后来成为苏格兰新教领袖的苏格兰约翰·诺克斯（John Knox）在内新教徒被送到法国军舰上服苦役。

于是苏格兰的新教徒转向英格兰寻求帮助，当时为爱德华六世摄政的爱德华西摩借机出兵苏格兰，只可惜入侵失败，不但造成玛丽斯图亚特跑到法国避难，也使苏格兰新教陷入低谷。但不久英王爱德华六世去世，天主教徒玛丽一世登基，火烧异教徒的事件频频发生，很多新教徒因此流亡苏格兰。

然而当时苏格兰天主教徒被胜利冲昏了头脑，对新教在苏格兰的地下活动不加防范。特别是在1554年，摄政的夏特勒罗特公爵（原来的阿兰伯爵，1548年晋封）与王太后玛丽德吉斯达成了一项协议：夏特勒罗特公爵交出摄政权；同时玛丽德吉斯则保证，在玛丽斯图亚特早逝且身后无子嗣的情况下，与斯图亚特王朝血缘最近的夏特勒罗特公爵将继承苏格兰王位。

詹姆斯五世和玛丽德吉斯夫妇

于是随着玛丽德吉斯的摄政，天主教徒们牢牢把持着掌握了国家大权，对内推行天主教统治，对外奉行亲法政策。太后的专制统治引起了新教集团的强烈不满，约翰·诺克斯1555年8月秘密潜回国内传教，建立了地下教会，并公开向天主教会挑战。虽然约翰·诺克斯1556年到瑞士的日内瓦担任英语教会会牧，但新教已在苏格兰的土地上深深地扎下了根。

在瑞士约翰·诺克斯发表《反对女权的荒唐统治》一文，目标直指英格兰的血腥玛丽和在苏格兰摄政的玛丽德吉斯太后，虽然这具有反对天主教意义，但不久英格兰的伊丽莎白继位，由于诺克斯反女权主义，伊丽莎白女王很讨厌他。除了抨击执政者，约翰·诺克斯还对未成年的玛丽斯图亚特表达了不满，他认为玛丽女王被卖到法兰西，以致她自小就耽溺于酒精，不得不终身与酒杯为伴，结果给苏格兰带来灾难，给她本人带来沉沦。

1559年5月，约翰·诺克斯应苏格兰各地新教教会的要求返回苏格兰，当时在在约翰·诺克斯的提议下，各地的新教教徒早已秘密集会，虽然缺少牧师，却自行推选长老和执事。但这时摄政的玛丽吉斯太后依仗已经登基的女婿法王佛朗索瓦二世，决定不再敷衍苏格兰的改革派，发出指令传召新教传道人在5月10日到斯特林（Stirling）接受审讯。

约翰诺克斯

于是约翰·诺克斯星夜赶往斯特林以便在限期之前到达会场为那些被诬告为异端份子的改革派答辩，那时苏格兰的格拉斯哥（Glasgow）地方当局已经发现约翰·诺克斯的行踪，宣布他是通缉犯。但是约翰·诺克斯面无惧色，因为已有多达六千人的新教徒聚集在他身边，这些改革派队伍虽然手无寸铁，却士气昂然，视死如归。

摄政的吉斯太后听到这消息大吃一惊，要求改革派队伍在伯斯（Perth）止步，又说审讯会被中止，改革派队伍因此自行解散，不少人返回家园。可5月10日审讯如期进行，在改革派代表缺席的情况下，摄政的吉斯太后单方面宣布改革派为不法分子。

消息传开后，被愚弄的新教徒义愤填膺。5月11日约翰·诺克斯在伯斯的圣约翰教堂（St．John’s Church）讲道时，他大力抨击天主教的弥撒和偶像崇拜，并说：“不知道神在这国家将如何作工，可以看到的，是撒旦猖狂到极点，这是一场尖锐的决斗。”聚会后，失控的会众捣毁天主教堂的偶像、饰物等（破四旧），同时还拆毁两座修道院。

吉斯太后于是派出军队到伯斯平息叛乱，但是伯斯的市民武装起来，坚守城堡，结果军队不敢冒然进攻。6月约翰·诺克斯有如凯旋归来的英雄，进入圣安得烈城堡。他在圣安得烈城堡讲了三天道之后，那地方的信徒都涌入天主教的教堂，摧毁天主教教堂里的偶像，并拆毁修道院，随即这种运动传遍苏格兰全国。

如此一来，摄政的吉斯太后更多了平息动乱的借口，并从法国娘家搬来救兵。新教贵族则针锋相对，当年10月21日苏格兰新教贵族宣布，不承认玛丽德吉斯为苏格兰摄政，苏格兰陷入了了全国性的宗教内战。

约翰诺克斯

同时约翰·诺克斯的妻子和母亲在法国巴黎向英国驻法国大使托洛摩顿（Nicolas Throkmorton）求助借道英格兰进入苏格兰，洛摩顿借此机会向伊丽莎白女王进言劝说她要淡化那次约翰·诺克斯撰文抨击女权统治的风波，并说诺克斯是苏格兰改革派的领袖，在苏格兰政治舞台上必将扮演举足轻重的角色，通过支持诺克斯可使英格兰的影响力伸展到苏格兰。

而在英格兰国内，国务大臣塞西尔等人认为法国吉斯家族已经采取了威胁英格兰女王的行动，他们派人前往罗马面见教皇保罗四世，请求他宣布伊丽莎白是私生女，从而废掉她的王位。因此如果能借此苏格兰新教徒起义的机会击败苏格兰天主教集团，既鼓舞了苏格兰新教徒的士气，消除长期以来来自北方的威胁，又能巩固伊丽莎白的王位。

在塞西尔等人的反复劝说下，伊丽莎白在1559年12月16日下令，由海军司令温特北上苏格兰海岸，伺机寻衅向驻爱丁堡的法军进攻，并阻止可能的法国援军。但这无助于天主教徒对新教徒的围攻，因此在1560年2月改革派大会的议员团（Lorda of Congregation）正式和英国签订了伯立克条约（Treaty of Berwick），宣称法国出兵干涉苏格兰已严重威胁到苏格兰的自由，为此英国必须出兵保障邻国的安全。

然而由于伊丽莎白的犹豫不决，英军在1560年3月31日才越过英苏边境，与苏格兰新教徒的军队会合，而后在进攻法军的雷斯（Leith）据点时大败，伤亡达1500人。不过法军这方面也由于国内危机造成补给不足，到了六月间出现了饥馑问题而无法反攻。此时新教军队在约翰·诺克斯的鼓舞下斗志昂扬，而摄政的吉斯太后则身心疲惫，1560年6月10日，玛丽德吉斯太后去世。于是英法双方取得协议，同意双方军队自7月6日开始撤离苏格兰，新教取得在苏格兰的统治权。

在1560年7月6日撤军日，苏格兰新国会与英国、法国签订了《爱丁堡和约》。和约规定：苏格兰解除与法国的同盟关系；法国从苏格兰撤军；苏格兰和法国承认伊丽莎白为英国的合法女王。这真是个巨大的胜利，尤其是英格兰人在打了那样一场糟糕的仗以后还能签定这样有利的条约，当然这主要归功于与法国国内发生了旨在推翻弗朗索瓦二世和吉斯家族统治的昂布瓦斯叛乱，以及此后延绵数十年的宗教内战，使法国失去了称霸欧洲的资本。

随后苏格兰新教贵族推举詹姆士五世的私生子莫里勋爵为摄政（他的母亲玛格丽特厄斯金为詹姆士五世生了6个孩子，但国王为了法苏同盟接连娶了两位来自法国的王后，而莫里的本名就是詹姆士斯图亚特，因此按照纯粹长幼顺序的话，他本应该是詹姆士六世），在他领导下的新教苏格兰政府，做好了迎接天主教女王玛丽斯图亚特的准备。